《洞洞杂货店》是一部融合奇幻与悬疑的都市治愈漫画，但与寻常杂货铺不同，这家店位于老城区幽深的巷尾，店主阿寂沉默寡言，店里摆满带有各种小洞的旧物——陶罐、竹筒、玉佩、贝壳等。每一个洞都连接着一段被遗忘的记忆或未实现的欲望。女主角莫小琪意外闯入后，发现自己能通过洞洞窥见他人隐藏的秘密。她与阿寂一起帮助顾客面对执念，抚平遗憾，然而这家店背后却牵涉阿寂与一位神秘客人的百年契约，随着契约期限逼近，真相逐渐浮出水面，故事在悬疑与温情间交织。
阿寂的百年契约即将到期，他将因契约反噬而消失。莫小琪联合所有受过帮助的顾客，用各自的真诚祝福汇聚成强大的情感力量，打动了契约守护者，最终解除了契约，阿寂得以留在人间。
一位政客购买能掩盖丑闻的洞洞，却在镜中看到自己虚伪的面孔，最终主动公开真相，虽然丢了职位，却获得了内心的平静，真正懂得了诚实的分量。
年迈钢琴家通过洞洞找回失踪的灵感，却发现自己遗忘的是对女儿的关爱。他在演奏会上弹奏女儿儿时的曲子，父女俩在后台相拥而泣，隔阂烟消云散。
少女因嫉妒好友的优秀而求助于洞洞，却看到好友每晚偷偷补习到深夜的模样，她羞愧难当，主动道歉并帮助好友，两人的友情比从前更加坚固。
贪婪商人妄图利用洞洞获取无尽财富，却被欲望反噬，陷入幻觉深渊。阿寂冒险进入幻境救出他，商人醒来后幡然醒悟，将财产捐出，过上了平淡却踏实的生活。
莫小琪因雨天迷路误入店中，被一枚发光的贝壳洞洞吸引，阿寂警告她不要触碰，但她出于好奇还是碰了，瞬间看到了自己童年时父母离异的画面，惊讶之余也对这家店产生了浓厚兴趣。